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ディレクトリドメインはサイトのポータル自体をgoogleサイトマップ等に登録すると非常に早く認識され、なおかつクローラーが頻繁に来ますのでSEO対策の効果が出るのが早いです。ただしポータルの下位ページとみなされるためサブドメインよりは被リンク効果が薄くなりますのでSEO対策の効果はサブドメインよりは薄くなります。1ドメインで運用の場合はサブドメインもまめに検索エンジン等に登録する事を条件としながらもサブドメイン方式がSEO対策上は良いと思います。効果の遅さを人的要素でカバーするSEO対策がこの方法です。3ドメインくらいで運営するならばディレクトリドメインが良いと思います。効果の薄さを自動的に数でまかなうSEO対策の方法がこれになります。
2000年代の前半には、ついに検索エンジン会社とSEO施策会社は非公式ではあるが共存共栄の意識に至った。SEO対策施策業者にはいくつかの段階と階層があり、もっともリテラシーの高いSEO施策会社は内容に基づいた検索エンジン最適化のSEO対策を行い、検索エンジンの理解と承認をうけている。これらのSEO手法には、WEBサイトの案内やコピーライトを改良しWEBサイトのコンテンツ全体を検索エンジンのロボットクローラーに早く知らせるようなSEO施策が行われている事が多くアルゴリズムにとっても楽な手法と言えるからである。